دليل مشاريع ووحدات مشروع Folding@home

وقبل البداية سأوضح بعض خانات الجدول بشكل مختصر ،رقم المشروع واسم وحدة العمل باعتقادي هي واضحة تماماً ولا تحتاج لتوضيح ،عنوان الخادم هو السيرفر الذي يتصل به العميل للحصول على الوحدة وكل مجموعة من الوحدات تقريباً لها عنوان مختلف

،عدد الذرات يقصد به عدد الذرات في البروتين أو الجين أو أياً كان ما يحاكيه المشروع،الموعد المفضل هو الموعد الذي يُفضل أن تنهي الوحدة فيه (من استلامها وحتى انهائها) والموعد النهائي هو الموعد الذي لا يجب أن تتخطاه وإلا لم تحتسب لك نقاط الوحدة .

نقاط الوحدة ، وباعتقادي هذه واضحة أيضاً . على العموم هذه هي النقاط التي تكسبها عند انهائك للوحدة .
الإطارات في الوحدة : وهي 100 دائماً . كل الوحدات مقسومة إلى 100 إطار وعندما تنهي إطاراً يظهر لك في العميل أنك أنهيت واحد في المئة من الوحدة وهكذا،اسم النواة الرمزي يدل على النواة التي ينبغي أن يكون العميل قد قام بتنصيبها لتستلم وحدة معينة مثل نواة GRO-A3 .ولكل نواة عميل خاص ليتم استخدامها مثل عميل SMP2 لنواة GRO A3

أخيراً الـ KFactor أنا واثق أن اغلب الإخوة سيتعرفون على الخانات السابقة بأنفسهم ربما هذا هو الوحيد الذي بحاجة لتوضيح فعلاً ،هناك نظام جديد يستخدمه فريق F@H وهو نظام الجوائز أو النقاط الإضافية وهي مفعلة في بعض الوحدات فقط (حالياً على وحدات النواة A3 حصراً) ، نظام المكافآت يلزمك أن تنهي الوحدة قبل الموعد المفضل لكي تحصل على النقاط الإضافية وكلما أنهيت الوحدة أسرع كلما حصلت على نقاط إضافية أكثر .

أما عن النقاط الإضافية التي ستحصل عليها فيمكنك حسابها عن طريق المعادلة التالية :
معامل ضرب النقاط الإضافية = الجذر التربيعي لـ(الموعد النهائي للوحدة * Kfactor \ مدة إنهاء الوحدة)
ومجموع النقاط التي ستحصل عليها سيكون حاصل ضرب معامل ضرب النقاط الإضافية * نقاط الوحدة الأساسية
وإذا كان الـ KFactor = 0 فهذا يعني أن الوحدة ليس فيها نظام مكافآت .
وهناك عدة شروط لاستلام المكافآت لكن لن أذكرها فهي ليست موضوعنا على أي حال .

Projects 2460-2499
هدف المشاريع : محاكاة المحيط الكيميائي لقناة النقل "Translocon Chanel"

كمقدمة ، فإن معرفة المزيد حول كيفية إدراج البروتينات الغشائية واستقرارها (داخل أغشية الخلايا) هو خطوة مفتاحية لفهم وظيفة هذه البروتينات وتصميمها . ومثل كل البروتينات الخلوية , فالبروتينات الغشائية نشأت عن طريق الريبوسومات . لكنها لا تتشابه في أجزاء القابلة للانحلال ، وهي تعتبر أيضاً من البروتينات الكارهة للماء . والبروتينات الكارهة للماء تحتاج لآلية إضافية لمنع التصاقها بالأجزاء السائلة من الخلية . وهذه الآلية التي تساعد البروتينات الغشائية الناشئة في طيها وتمركزها في غشاء الخلية تعرف بـمركب النقل أو قناة النقل , التي تعمل مع الريبوسومات لإدخال هذه البروتينات الغشائية مباشرة إلى الشبكة الإندوبلازمية في الخلايا حقيقيات النواة أو إلى الغشاء البلازمي في البكتيريا (وهي من أوليات النواة) . وفي مسار الإدخال يحصل توازن ديناميكي حراري بين البروتينات الغشائية و الغشاء الليبيدي , حيث تحصل التفاعلات الفيزوكيميائية (فيزيائية وكيميائية) التي تحدد بنية هذه البروتينات الثلاثية النواة .

البروتينات الغشائية هي كارهة للماء طبيعياً .. كفاءة إدخال البروتينات الغشائية الكارهة للماء إلى غشاء كاره للماء لا تزال عملية غير مفهومة حتى الآن . الفرضية الحالية تركز على أن سلسلة من الببتيدات قد تكون مشاركة في عملية إدخال هذه البروتينات . هذه الدراسة تهدف لفهم ووصف ما في داخل قناة النقل وحساسيتها إلى سلاسل البروتينات . ويفترض العلماء أن هذه القناة تعمل ك"فلتر" للبروتينات , ويأمل العلماء أنه وعن طريق قوة الحوسبة الهائلة لدى مشروع F@H قد يتمكنون من اكتساب رؤى عن هذا السؤال الحيوي الرئيسي .وهذا المشروع موجه لمساعدة العلماء في مختبر Lindhal في السويد .
قناة النقل هي مركب بروتينات هام في عملية إدخال البروتينات الغشائية إلى أغشية الخلايا الحية

معلومة : البروتينات الغشائية هي جزيئيات بروتينية ترتبط أو تترافق مع الأغشية الحيوية للخلايا الحية .

تبقى من هذه المشاريع مشروع واحد فقط وهو 2494 ، وربما بعد الانتهاء منه قد يتم اكتشاف معلومات علمية جديدة حول هذا الموضوع
Projects 2653,2651,2633,2610

هدف المشاريع : مساعدة العلماء في دراسة الفيروسات وطريقة إصابتها للخلايا عن طريق دراسة بروتينات مختلفة مسببة للإصابة ، وتساعد هذه المشاريع العلماء أيضاً في دراسة تفاعل هذه البروتينات مع أغشية الخلايا
Projects 2692,2686,2685,2684,2677,2675,2669,2665,2662

هدف المشاريع : تساعد هذه المشاريع العلماء في دراسة فيروس الإنلفونزا وكيف يتعرف على الخلية ثم كيف يصيبها ويلوثها . والعلماء هنا يطورون أسلوب محاكاة جديد لاستيعاب أفضل لهذه العملية .

أغلب هذه الوحدات كبيرة الحجم . ومن ضمنها أيضاً وحدات Bigadv العملاقة ، وكان هناك أبحاث أجراها العلماء قبل وقت قريب بناءً على مشاريع منتهية تدرس نفس القضية هنا . (المشاريع كانت 2681 ,2682 و 2683)


هذه المشاريع لا تزال جديدة ولم يُذكر عنها أي شيء حتى الآن .

Project 3043
هدف المشروع : بروتين Lambda repressor .
هذا المشروع هو تكملة لمشروعي 3036 و3037 (الـ Lambda repressor) . وهو يحاكي نفس الجزيء فيهما لكن مع شحنة موجبة إضافية لحمض الهيستيدين (الهيستيدين هو أحد الأحماض الأمينية العشرين التي يتألف منها البروتين) وباختصار فالمقصود من المشروع هو لملاحظة الفرق الذي تحدثه الشحنة الإضافية على عملية الطي .

معلومة : الـLambda فيروس يصيب البكتيريا الإشريكية القولونية .. وحظي بدراسات عديدة ،بروتين lambda repressor هو البروتين الذي يرتبط بجين فيروس lambda ليوقف من عملية نسخ هذا الجين .

Projects 3044-3049
هدف المشاريع : المنطقة WW
في هذه المشاريع , يقوم العلماء بدراسة عملية طي أحد أجزاء بعض البروتينات المسمى بـ WWمنطقة وهو في الواقع مشترك في عملية طي العديد من البروتينات . وهنا يقوم العلماء بمحاكاة بروتينات من إنسان وبروتينات من فأر لدراسة هذا البروتين .

Projects 3052-3050
هدف المشاريع : بروتين Villin وهو يقوم بربط خيوط الأكتين مع أنوية الـmicrovillar

المشاريع 3036 ، 3037 و 3042 (مشاريع سابقة) أنتجت كمية هائلة من البيانات عن هذا البروتين الذي يطوى بسرعة كبيرة جداً "المنطقة العلوية لبروتين Villin" . وتم تصميم هذه المشاريع الجديدة لاختبار والتحقق من صحة التنبؤات التي تنبأ بها العلماء بعد الانتهاء من طي المشروع 3036

Projects 3060,3062,3064,3065

هدف المشاريع : Lambda Repressor .. وكما ذكر سابقاً فـالـLambda فيروس يصيب البكتيريا الإشريكية القولونية ..وبروتين lambda repressor هو البروتين الذي يرتبط بجين فيروس lambda ليوقف من عملية نسخ هذا الجين .

هذه المشاريع كانت من مجموعة كبيرة من المشاريع (3000-3099) التي صممت لتعمل على عميل SMP أساساً لمحاكاة بروتينات في عملية الطي السريعة جداً (على وجه التقريب في نطاق الميكرو ثانية أو 1/1000000 ثانية ) طبعاً عدد كبير من هذه المشاريع اكتمل ، وتبقت هذه المشاريع بالإضافة للمشاريع رقم 3052-3050 . وبالنسبة لهذه المشاريع فهي تحاكي جزيء أحادي من بروتين"Lambda repressor"

Projects 3451-3458
أهداف المشاريع :
1-محاكاة ببتيد Fs
2- محاكاة ببتيد من الطرف الكربوني لبروتين G ، وهو بروتين يقوم ربط الأجسام المضادة مع البكتريا
3- محاكاة شظايا الطرف النيتروجيني لبروتين Ubiquitin وهو بروتين يشترك في العديد من العمليات المتنوعة ، نذكر منها العدوى الفيروسية, الالتهاب والاستجابة المناعية وفي موت الخلايا المبرمج وعملية نسخ الـDNA

المشاريع 3451-3458 هي مصممة لتعمل على عميل PS3 . وهي تحاكي ثلاث شظايا ببتيدات صغيرة يتم اختبارها ليشاهدوها بعد انتهاء عملية الطي عندما تتحول بينتها إلى بنية معروفة للعلماء : ببتيد Fs (لولب في الماء) , ببتيد الطرف الكربوني "C-terminal" لبروتين G (نسبة دبوس الشعر أو الانعطافات الحادة في البروتين في المحاكاة المحاكاة هي 40%) ، وأخيراً شظايا الطرف النيتروجيني "N-terminal" لبروتين Ubiquitin (نسبة دبوس الشعر أو الانعطافات الحادة في البروتين في المحاكاة هي 80%)
هذه المشاريع مشابهة للمشاريع 3445-3450 (مشاريع مكتملة سابقاً) ، لكن هنا يختبرون عوامل متغيرة إضافية في أسلوب الإذابة
Projects 3459-3464

أهداف المشاريع :
1-محاكاة ببتيد Fs
2- محاكاة ببتيد من الطرف الكربوني لبروتين G .
3- محاكاة شظايا الطرف النيتروجيني لبروتين Ubiquitin

والمشاريع 3459-3464 هي مصممة لتعمل على عميل PS3 وهي مشابهة للمشاريع 3458-3452 , وهنا يختبرون بعض الأجيال الجديدة من مجالات القوة في اضافة داخلية للعوامل المتغيرة العازلة في أسلوب الإذابة .

Projects 3465-3468
أهداف المشاريع :
1-محاكاة ببتيد Fs
2- محاكاة ببتيد من الطرف الكربوني لبروتين G .
3- محاكاة شظايا الطرف النيتروجيني لبروتين Ubiquitin

المشاريع 3465-3468 هي مصممة لتعمل على عميل PS3 وهي مشابهة للمشاريع 3451-3452 , وهنا يختبرون بعض الأجيال الجديدة من مجالات القوة في اضافة داخلية للعوامل المتغيرة العازلة في أسلوب الإذابة .


أهداف المشاريع :
1-محاكاة ببتيد Fs
2- محاكاة الطرف الكربوني ذو دبوس شعر لبروتين G .

المشروعان 3469 و 3470 هما محاكاة عن طريق عميل GPU لببتيد Fs ، و دبوس شعر (مصطلح يقصد به هنا انعطافة حادة) للطرف الكربوني "C-treminal" من بروتين G على التوالي ،هذه المشاريع هي جزء من خطة العلماء الأكبر لاختبار أمثل محاكاة لعامل متغير وهو هنا أسلوب GB للإذابة . وإلى الآن , أغلب هذه التجارب كانت تختبر على أجهزة PS3 , لكن الآن يرغب العلماء بالقيام باختبار أدق لمجال هذا العامل المتغير الذي يظنون انه الأفضل . ولذا فهم يريدون أيضاً القيام بهذه الاختبارات على عميل GPU مرة أخرى للتأكد من نتائج عميل الـ PS3



هدف المشاريع : بروتين Villin (بالتحديد المنطقة العلوية من هذا البروتين) وهو يقوم بربط خيوط الأكتين مع أنوية الـmicrovillar

Projects 4438-4463
هدف المشاريع : محاكاة الـ RNA
من المعروف أن المبدأ الرئيسي لعلم الأحياء الجزيئي أن الـDNA ينسخ نفسه إلى RNA , ثم يترجم الـRNA إلى بروتينات ( المقصود بالنسخ هنا هو عملية إنشاء شريط جزيءRNA التي تحدث أمام أحد شريطي جزيء DNA ، أما المقصود بـ "الترجمة" فهي عملية بناء سلسلة عديد الببتيد أمام جزيء RNA .الـ DNA و البروتين حظيا بقدر كبير من الاهتمام بسبب أدوارهم في ترميز الكائنات الجزيئية الحية وبالتالي الحياة . أما الـRNA فيكان ينظر إليه على أنه جزيء يقوم بتمرير المعلومات بين نظرائه . لكن ظهر في بحث جديد أن جزيئات الـRNA أيضاً تلعب دوراً وظيفياً هاماً مشابهاً لما تقوم به البروتينات . وبالتالي فقد اهتم العلماء أيضاً بفهم طريقة تضامّه وتثنيته أو طيّه . الهدف من هذه المشاريع هو أن يتمكن العلماء من فهم عملية طي الـRNA بدايةً بالتعرف على Motif ( ذكر معناه سابقاً) لدبوس شعر صغير (دبوس الشعر هنا يقصد به انعطافة حادة). انعطافة حادة للولب واحد من الـRNA في حالته المطوية يجعله يلتف حول نفسه لكن هذه الانعطافة الحادة تلعب دورا مدهشاً في نظام علم الأحياء . ولفهم هذه الدبابيس (الانعطافات) على العلماء أن يضيفوا نموذجاً حسابياً جديداً . والمشاريع 4400-4432 (بعض هذه المشاريع اكتملت الآن وبقي القليل منها) تشكل المرحلة الأولى من هذا النموذج الحسابي الجديد . والمشاريع 4433-4499 (أيضاً اكتمل عدد من هذه المشاريع) تمثل المرحلة التي تليها .

Projects 4615-4604
هدف المشاريع : مساعدة العلماء في التعرف على مسارات الطي ،هذه المشاريع تحاكي شظايا ببتيدات صغيرة , صمٌمت لمساعدة معاوني فريق F@H في "مختبرات دِل Dill" في دراستهم عريضة النطاق عن طي البروتين . والعلماء يطمحون بأن تساعدهم محاكاة شظايا هذه البروتينات الصغيرة للتعرف أكثر على مسارات الطي .
هذه المشاريع تعمل بنواة AMBER وهي حصرية لعميل CPU العادي .

Projects 4756-4715
أهداف المشاريع :
1- بروتين Villin
2- جزيء أحادي من بروتين Lambda Repressor
3- المنطقة Fip35 WW

هذه المجموعة الكبيرة من المشاريع صممت لنواة ATi GPU2 . وتقوم بدراسة الجزء العلوي من أحد المناطق لبروتين Villin ، وأيضاً جزيء أحادي من بروتين lambda repressor , وأيضاً المنطقة WW fip35 . وكلها تُدرس عادةً في المختبرات التي تدرس عملية طي البروتين بالتحديد ؛ محاكاة هذه الجزيئات باستخدام عميل GPU2 يساعد العلماء على فهم أفضل لها ولنتائجها التجريبية ، كما يساعد على اختبار نواة ATi

المنطقة (المجموعة) العلوية لبروتين Villin
Projects 5102-5101
هدف المشروعين :
مساعدة العلماء على دراسة تغيُّر التكوين الجزيئي في البروتينات ،العديد من البروتينات تعمل كـالمحولات , تستقبل إشارة التغييرات التي تحدث في محيطها وتسمح للخلايا بأن تقوم بالاستجابة بالشكل المناسب لهذا التغيير ،بطبيعة الحال فالعلماء يطمعون في فهم هذه العملية عن طريق مشاهدتهم للمحاكاة .

5651 Project
هذا المشروع لا يزال جديداً ولم يُذكر أي شيء عنه حتى الآن .

Projects 5732-5747
هدف المشاريع :
1- محاكاة حزمة لولبية لبروتين ACBP
2- محاكاة بروتين L ، ووظيفته مماثلة للبروتين G و A وهي ربط الأجسام المضادة مع البكتيريا

هذه المشاريع تقوم بمحاكاة حزمة لولبية لبروتين ACBP (في المشاريع 5732-5739) وبروتين "L" (في المشاريع 5740-5747) في حالتهما غير المطوية ، وتم تصميم هذه المشاريع لتعمل على عميل GPU . ويخطط العلماء لمقارنة المسارات الطويلة لهذه البروتينات على درجات حرارة مختلفة بحالتها الأصلية وغير المطوية عن طريق هذه المشاريع .

Projects 5772-5765
هدف المشاريع : محاكاة بروتين NTL9
هذه المشاريع تحاكي بروتين NTL9 على درجات حرارة ثابتة طوال المحاكاة ، وكل واحد من هذه المشاريع يحاكي هذا البروتين في ظروف درجات حرارة مختلفة .
البروتينات الريبوسومية كانت هدفاً هاماً لتتم محاكاته ، وقبل فترة قريبة من إطلاق هذه المشاريع تمكن العلماء من التعرف على بنية هذه البروتينات ، لكن وظيفة العديد من البروتينات الريبوسومية في الـ RNA لا تزال مجهولة . وهذا ما يهدف العلماء إلى التعرف عليه حالياً .

Projects 5781-5786
هدف المشاريع : محاكاة عملية طي عدة بروتينات متشابهة تقريباً مع اختلاف بسيط في الأحماض الأمينية

هذه المشاريع تحاكي عدّة بروتينات ذات سلاسل متماثلة . من المدهش أنه وعلى الرغم أن هذه السلاسل تختلف فقط في قليل من الأحماض الأمينية لكن حالة كل بروتين بعد انتهاء عملية الطي تكون مختلفة تماماً عن الأخريات ،يهتم العلماء بطبيعة تأثيرات هذه السلاسل على عملية طي البروتين . ويتساءلون عن هذه الاضطرابات أهي موضعية أم غير موضعية في الطبيعة ؟ وأيضاً هل محاكاة الإذابة الضمنية الحالية دقيقة بما يكفي لاكتشاف المزيد من تأثيرات هذه السلاسل على عملية الطي ؟ إذا كانت الإجابة نعم , فهذه ستكون نقطة انطلاق ممتازة ومهمة لتطوير أدواتهم أكثر ، ويطمحون بأن تأخذهم هذه الاكتشافات نحو اكتشاف كلاً من تصميم بنية البروتين ، وديناميكيته

Projects 5798-5787
هدف المشاريع : محاكاة المنطقة SH3 ، وهي مجموعة تكون موجودة في بعض أنواع البروتينات ولها وظائف مختلفة .
هذه المشاريع هي لمحاكاة منطقة SH3 ذو 941 ذرة على درجة حرارة ثابتة (ويطلق عليه في هذه الحالة drkN) . والمحاكاة تبدأ من حالته غير المطوية وأحياناً من حالته المطوية , ويُستخدم فيها أحد أساليب الإذابة , وهذه المشاريع مصممة بشكل كامل لتعمل على عميل GPU

drkN هو هدف جيد للمحاكاة . لأنه مثال مدروس جيداً كـ بروتين مختلط . والعلماء متشوقون لاستخدام قدرات البطاقة الرسومية في الحوسبة وصنع المحاكاة في مشروع F@H لإنتاج حالة drkN غير المطوية ليتمكنوا من مقارنتها بفرضياتهم .
المشاريع 5787-5792 هي محاكاة لسلسلة عريضة من هذا البروتين , بينما المشاريع 5793-5798 هي محاكاة لطفرة نقطية واحدة (تدعى T22G) تظهر عند استقرار هذا البروتين في حالته المطوية .
Project 5799

هدف المشروع : محاكاة الطرف الكربوني " C-Treminal " من بروتين NTL9، وهذا في إطار محاولة العلماء لمحاكاة عملية طي بروتين NTL9 كامل.



هذه المشاريع لا تزال جديدة ولذا لم يذكر المصدر أي مواصفات عنها . لكنها تعتمد على نواة A3 الجديدة مع عميل SMP2 وتدعم نظام المكافآت كذلك (باستثناء المشروع رقم 6011)


Projects 6313-6316
هدف المشاريع : محاكاة المنطقة SH3

بداية :مجموعة SH3 هو جزيء يوجد في في العديد من أنواع الأنظمة الحية. هو في العادة جزء من مركب أكبر يساعد على نقل الإشارات ما بين الخلوية . وظيفته الأساسية هي ضبط الإشارات عن طريق ربط سريع الزوال للmotif في عديدة الببتيدات (يقصد بالـMotif هنا نمط متكرر في البروتين أو DNA وجوده يميز البروتين/DNA الموجود فيه )

هناك خصائص مختلفة للأشكال المختلفة من الـSH3 وبالنسبة للتعامل مع هذا الجزء المعين من motif الببتيد فقد يتغير بشكل واسع مع اختلاف شكل الـ SH3, ويمكن اكتساب رؤى كبيرة عن شبكة إشارات هذه الخلايا عن طريق التنبؤ الحسابي لسلاسل تابعة مشابهة .


وهذه المشاريع تقوم بمحاكاة جديدة صُممت لاختبار أسلوب جديد قام العلماء بتطويره , وأطلقوا عليه multi-scale fragment potential (MSFP اختصاراَ) . وفي هذا الأسلوب , المشكلة كانت حساب الطريقة التي ترتبط بها سلسلة ببتيد مع سطح المُستقبل الموزع على عدة أجزاء تكون فاعلة . وبدلاً من أن نقوم بمحاكاة التفاعل الذي يحصل بين سلسلة بوليببتيدة كبيرة ومُستقبل , قام العلماء بتجزيء هذه السلسلة إلى شظايا صغيرة , وقاموا ببحث مستفيض عن سطح المستقبل ليستخرجوا الأماكن المحتمل أن يأتي إليها كل شظية .

وهذه المشاريع تحاكي هذه الشظيات (أحادية الحمض الأميني) التي ترسو على طول سطح البروتين (على الحقل SH3 بالتحديد ) . وهذه التجارب تمكن العلماء أيضاً من اختبار الافتراضات الأساسية لأسلوبهم الجديد (MSFP)،تبقى من هذه المشاريع مشروع واحد فقط وهو 6316

Project 6502
هدف المشروع 6502 هو محاكاة المجموعة A من بروتين ناقل الحديد في مذيب صريح ،وهذا المشروع يتم بالتعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .

Project 6503
هدف المشروع 6503 هو محاكاة المجموعة B من بروتين ناقل الحديد في مذيب صريح ،وهذا المشروع يتم بالتعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .


Project 6504
هدف المشروع : محاكاة بروتين CASP9 في مذيب صريح.
هذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .

Project 6505
هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة A من بروتين Calmodulin (مثل المشروع رقم 6515) , وهو بروتين رابط كالسيوم مدروس عالمياً . وهذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .

Projects 6507-6508
P6507 هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة B من بروتين Calmodulin , وهو بروتين رابط كالسيوم مدروس جيداً . (مثل المشروع رقم 6517)

Calmodulin هو بروتين يتواجد في كل الخلايا حقيقية الأنوية (بما في ضمنها خلايا الإنسان) يقوم بربط الكالسيوم ببعض البروتينات . كما يقوم بربط بعض البروتينات مما يؤدي إلى تغييرات كثيرة في وظائف الخلايا . و يتوسط عمليات كثيرة كنمو العصب والالتهاب وانقباض العضلات اللاإرداية و الاستجابة المناعية و موت الخلايا المبرمج و له دور في الحركة داخل الخلية .

P6508 هذا المشروع يقوم بمحاكاة بروتين G .(6518 أيضاً مثل المشروع رقم )
البروتينات G , A و L وظيفتها هي ربط الأجسام المضادة بالبكتريا

Project 6509
هذا المشروع يقوم بمحاكاة جين CASP9 في مذيب سائل .وهو جين موجود في جميع الثديات
وظائف الخلايا . و يتوسط عمليات كثيرة كنمو العصب والالتهاب وانقباض العضلات اللاإرداية و الاستجابة المناعية و موت الخلايا المبرمج و له دور في الحركة داخل الخلية .

وهذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .
Calmodulin هو بروتين يتواجد في كل الخلايا حقيقية الأنوية (بما في ضمنها خلايا الإنسان) يقوم بربط الكالسيوم ببعض البروتينات . كما يقوم بربط بعض البروتينات مما يؤدي إلى تغييرات كثيرة في وظائف الخلايا . و يتوسط عمليات كثيرة كنمو العصب والالتهاب وانقباض العضلات اللاإرداية و الاستجابة المناعية و موت الخلايا المبرمج و له دور في الحركة داخل الخلية .

Projects 6511-6513
المشروع 6511 يحاكي جزيء من بروتين Ubiquitin في مذيب صريح. Ubiquitin هام في مسارات تضام البروتين.
Ubiquitin يشترك في الكثير من الوظائف الحيوية مثل العدوى الفيروسية, الالتهاب والاستجابة المناعية وفي موت الخلايا المبرمج وعملية نسخ الـDNA و هو مهم في فترة دورة الخلية وغيرها من الوظائف .

المشروع 6512 يحاكي المنطقة A من بروتين ناقل الحديد في مذيب صريح .
المشروع 6513 يحاكي المنطقة B من بروتين ناقل الحديد في مذيب صريح .
وهذه المشاريع تتم بالتعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .


Project 6515
هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة A من بروتين Calmodulin , وهو بروتين رابط كالسيوم مدروس عالمياً . وهذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .
Calmodulin هو بروتين يتواجد في كل الخلايا حقيقية الأنوية (بما في ضمنها خلايا الإنسان) يقوم بربط الكالسيوم ببعض البروتينات . كما يقوم بربط بعض البروتينات مما يؤدي إلى تغييرات كثيرة في وظائف الخلايا . و يتوسط عمليات كثيرة كنمو العصب والالتهاب وانقباض العضلات اللاإرداية و الاستجابة المناعية و موت الخلايا المبرمج و له دور في الحركة داخل الخلية .

Project 6516
هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة B من عنقوديات البروتين A , وهو بروتين مدروس عالمياً . وهذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية ،البروتينات G , A و L وظيفتها هي ربط الأجسام المضادة بالبكتريا

Project 6517
هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة B من بروتين Calmodulin , وهو بروتين رابط كالسيوم مدروس جيداً . وهذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية .
Calmodulin هو بروتين يتواجد في كل الخلايا حقيقية الأنوية (بما في ضمنها خلايا الإنسان) يقوم بربط الكالسيوم ببعض البروتينات . كما يقوم بربط بعض البروتينات مما يؤدي إلى تغييرات كثيرة في وظائف الخلايا . و يتوسط عمليات كثيرة كنمو العصب والالتهاب وانقباض العضلات اللاإرداية و الاستجابة المناعية و موت الخلايا المبرمج و له دور في الحركة داخل الخلية .


Project 6518
هذا المشروع يقوم بمحاكاة بروتين G . وهذا العمل متعاون مع العلماء في جامعة كاليفورنيا لاكتشاف طرق لتحسين بنية بروتينات شبه أصلية باستخدام كثافة الطاقة الحرة الموضعية ،البروتينات G , A و L وظيفتها هي ربط الأجسام المضادة بالبكتريا

Project 6522
هدف المشروع 6522 هو محاكاة المجموعة A من بروتين ناقل الحديد في مذيب صريح . وهو مشابه للمشروع 6502

Project6525
هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة A من بروتين Calmodulin (مثل المشروع رقم 6515) , وهو بروتين رابط كالسيوم مدروس عالمياً .
Calmodulin هو بروتين يتواجد في كل الخلايا حقيقية الأنوية (بما في ضمنها خلايا الإنسان) يقوم بربط الكالسيوم ببعض البروتينات . كما يقوم بربط بعض البروتينات مما يؤدي إلى تغييرات كثيرة في وظائف الخلايا . و يتوسط عمليات كثيرة كنمو العصب والالتهاب وانقباض العضلات اللاإرداية و الاستجابة المناعية و موت الخلايا المبرمج و له دور في الحركة داخل الخلية .

Project 6526
هذا المشروع يقوم بمحاكاة المنطقة B من عنقوديات البروتين A , وهو بروتين مدروس عالمياً .

Projects 6600-6606
هذه المشاريع عبارة عن محاكاة لبروتين CspTm بحالته الأصلية ، أو الغير مطوية , وتمت دراسة الحالة المتغيرة لهذا البروتين تجريبياً باستخدام طاقة الاستشعاع الرنيني أحادية الجزيء (FRET).التجارب عن طريق FRET أظهرت تضام وتجمع (طي) لجزيئات هذا البروتين بطريقة أسرع من بقية الدراسات والتجارب .
من الضروري معرفة الديناميكية لسلسلة البروتين في الحالة غير المطوية لفهم كيف تتضام هذه السلسلة حتى تكون في وضعها المطوي . ويأمل العلماء أن استخدام المحاكاة عن طريق هذه المشاريع قد يلقي بعض الضوء على هذه المسألة .


لا تزال هذه المشاريع جديدة ، ولم يذكر المصدر أي شيء عن أوصافها حتى الآن

Project 6800
هذا المشروع يمثل المرحلة الثانية من عملية محاكاة أحادي جزيء (Monomer) من بروتين Abeta في إطار دراستهم لـمرض الزهايمر

Project 6811
هذا المشروع يقوم على دراسة البريونات وهذه اول محاولة للجامعة في دراسة البريونات،البريونات هي جسيمات بروتينية ملوثة مسؤولة عن أمراض مثل داء كروتزفيلد جاكوب (الاعتلال الدماغي الفيروسي الاسفنجي) أو المعروف بجنون البقر

Project 6900
جديد المشاريع العملاقة (Bigadv) .. وهو كغيره من هذه المشاريع العملاقة يدرس فيروس الانفلونزا .. بالتحديد عن كيف يتعرف على الخلايا ثم يقوم بإصابتها
وهو يعطي نفس عدد النقاط التي تعطيها بقية المشاريع العملاقة ، أما عن سرعته فهي جيدة إلى حدٍّ ما



هذه المشاريع لا تزال جديدة ، ولم يذكر موقع المشروع أي معلومات عنها باستثناء مشروع رقم 10009 .. لكنها تعتمد على نواة Fahcore-b4 واسمها الرمزي هو ProtoMol ، تٌستلم هذه المشاريع عند العمل على عميل CPU العادي

بالنسبة للمشروع 10009 :
هذا المشروع الجديد يستخدم النواة الجديدة Protomol . Protomol 3.1 تستخدم أسلوباً جديدة لتسريع الديناميكية طويلة الأجل للبروتينات , ويطلق عليه "Normal Mode Langevin" (NML اختصاراً) . استخدام الـNML يسمح بتسريع المئات من الحركات الواضحة للجزيئات . الأسلوب يحدد الاتجاهات قليلة التردد عدة مرات باستخدام نمط التحليل الاعتيادي, ويصور حركة الجزيء بطولها بينما يحلل أقرب حركة فورية يرصدها من هذا الجزيء
وهذه المشاريع تهدف إلى ثلاثة أهداف :

لإثبات صحة أسلوب NML عن طريق محاكاة عملية طي منطقةFip35 WW
لفهم دور الطفرات في الطي
لفهم تفاعل انزيم Kinase , وهو انزيم يشارك في بداية الإصابة ببعض أنواع السرطانات .
وعلى الغالب فإن المشاريع الأخرى تهدف لنفس هذه الأهداف

Project 10413-10426
هذه المشاريع لا تزال جديدة ولم يذكر عنها أي تفاصيل .و هي تعتمد على النواة الجديدة A4 ..وتعمل على عميل المعالج العادي (الذي لا يستغل إلا نواة واحدة فقط) .

Projects 10516-10510 10501-10506

هدف المشاريع : محاكاة بروتين NTL9 كامل الطول
الوحدات 10516-10510 و 15606 تقوم بمحاكاة بروتين NTL9 كامل الطول (56 حمض الأميني) عن طريق عميل GPU ,وجميع هذه الوحدات تبدأ بالطي من حالة البروتين الأصلية. ويستعملها العلماء لتجربة والتنبؤ بـتأثير الطفرات على ثبات حالة الطي , معدلات الطي , بنية البروتين الغير المطوي , والمسارات التي يتخذها البروتين ليقوم بعملية الطي.

وأضيفت هذه الوحدات للمشروع بعد نجاحه ولأول مرة بمحاكاة عملية طي بروتين في نطاق ميلي ثانية الزمني (ميلي ثانية = 1/1000 جزء من الثانية ) وكان ذلك مع بروتين NTL9 ( 1-39) الذي يحتوي على 39 حمض أميني مقتطعة من بروتين NTL9 كامل . ولهذا فالعلماء يريدون مشاهدة محاكاة هذا البروتين الكامل في نفس النطاق الزمني لتحقيق نتائج أفضل

المشروع رقم :10505
المشروع رقم 10505 يقوم بمحاكاة لشظايا بروتين "lambda repressor" عن طريق عميل GPU

يستخدم العلماء محاكاة هذا البروتين لدراسة الديناميكا الحرارية والحركية لـ16-mer من شظايا هذا البروتين ذو 80حمض أميني لفصل القوى الموضعية الدافعة للطي مقابل القوى غير الموضعية الدافعة للطي بهدف معرفة إلى أي مدى يمكن أن يشرح طي هذا البروتين ماهية القوى الموضعية في الطبيعة -هذه القوى تتألف من بروتينات مطوية- ؛ وإيضاً إلى أي مدى تملي هذه القوى غير الموضعية المتركبة ذاتياً على البروتينات آلية الطي وحركـته ؟ ومحاكاة هذا البروتين يهدف لمعرفة هذا ..

هذه المشاريع تعتمد على محاكاة الشظايا .. وكل شظية لها عدد مختلف قليلا من الذرات عن الأخريات ، لذلك توقع بعض التقلبات في السرعة لديك . هذه الوحدات اٌختبرت باستخدام الشظية الأكبر عدداً من الذرات ، وإذا لاحظت سرعة زائدة لديك في إنهاء الوحدة فهذا يعني أنك استلمت شظية صغيرة ، ونستطيع اعتبارها كـbonus !

معلومة : الـLambda فيروس يصيب البكتيريا الإشريكية القولونية .. وحظي بدراسات عديدة .. بروتين lambda repressor هو البروتين الذي يرتبط بجين فيروس lambda ليوقف من عملية نسخ هذا الجين .

Projects 10629-10628-10632
هذه المشاريع أو الوحدات تقوم بمحاكاة عملية طي بروتين "Villin" عن طريق عميل GPU OpenMM-gromacs (GPU3)

معلومة : بروتين villin يقوم بربط خيوط الأكتين مع أنوية الـmicrovillar،وهذه المشاريع التجريبية أوجدت لتقييم أداء نواة الطي الجديدة (OpenMM-gromacs) على عميل GPU 3،وحتى وقت قريب كانت هذه المشاريع الثلاثة فقط تعمل على عميل GPU3

Projects 10641-10692
هذه المشاريع تختبر محاكاة ببتيد Fs مع نواة gpu openmm-gromacs وهذه المشاريع خاصة بالبطاقات الأخرى غير الـFermi
وهذه المشاريع التجريبية أوجدت لتقييم أداء نواة الطي الجديدة (OpenMM-gromacs) على عميل GPU 3 على أسلوب إذابة .GB وتتنوع في هذه المجموعة من الوحدات عدة مجالات ضغط مختلفة و عوازل كهرباء مختلفة للثوابت الداخلية

Projects 10927-10978
هذه المشاريع تختبر محاكاة ببتيد من بروتين G مع نواة gpu openmm-gromacs وهذه المشاريع خاصة ببطاقات الـ Fermi


هذه المشاريع تختبر محاكاة ببتيد Fs مع نواة gpu openmm-gromacs وهذه المشاريع خاصة ببطاقات الـ Fermi
وهذه المشاريع التجريبية أوجدت لتقييم أداء نواة الطي الجديدة (OpenMM-gromacs) على عميل GPU 3 على أسلوب إذابة .GB وتتنوع في هذه المجموعة من الوحدات عدة مجالات ضغط مختلفة و عوازل كهرباء مختلفة للثوابت الداخلية،هذه المشاريع غير متوفرة حالياً ،هي تظهر أحياناً في السيرفر وتختفي بعض الأحيان .

Projects 11153-11181
هدف المشاريع تحاكي جزيء أحادي من بروتين Amyloid Beta (Abeta) في الماء (وهو البروتين المسبب لمرض الزهايمر)،سبب مرض الزهايمر هو خرف اللويحات التي تحيط بالدماغ والتي تتألف من ببتيدات الـ Abeta في عقل المريض (وما يحدث هنا هو سوء طي لبروتين Abeta) . ونظام هذه المحاكاة يتألف من بروتين Abeta كامل الطول في الماء . وهذه المشاريع ستخدم المشروع أيضاً في تجربة مجال قوة جديد , ويتوقع أن تخدم هذه المشاريع العلماء على أنها نقطة بداية رائعة لدراسات المستقبل حول عملية الـ oligomerization
oligomerization: اسم العملية الكيميائية التي تحول أحاديات الجزيء إلى ما يعرف باسم
عديدة الجزيئات

Projects 11266-11289
هذه المشاريع هي كالمشاريع أعلاه تدرس مرض الزهايمر عن طريق محاكاة جزيء أحادي من البروتين المسبب لهذا المرض (وهو بروتين Abeta)

الفرق أن المشاريع أعلاه تستخدم عميل GPU3 ، أما هذه المشاريع فتستخدم عميل CPU الذي لا يستخدم سوى نواة واحدة من المعالج .